9ο εξάμηνο

Μάθημα: Βιοπληροφορική

Τίτλος μαθήματος

Βιοπληροφορική

Κωδικός μαθήματος

Υ9

Είδος μαθήματος

Υποχρεωτικό

Επίπεδο μαθήματος

Προπτυχιακό

Έτος σπουδών

5ο

Εξάμηνο

9ο

Πιστωτικές μονάδες ECTS

5

Ιστοσελίδα

http://eclass.uowm.gr/courses/ICTE162/

Ώρες ανά εβδομάδα

4

Περιεχόμενο μαθήματος

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες βιολογίας. Βιολογικά μακρομόρια DNA και RNA. Δομικά στοιχεία πρωτεΐνών. Βιολογικές βάσεις δεδομένων. Πίνακες αντικατάστασης. Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη. Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών. Πρότυπα και μοτίβα στις αλληλουχίες των βιολογικών μακρομορίων. Βασικές αρχές εξέλιξης. Φυλογενετική ανάλυση. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων με τους αλγόριθμους UPMGA, Fitch-Margoliash & Neighbor-joining. Μικροσυστοιχίες DNA. Οι ευρετικοί αλγόριθμοι FASTA & BLAST. Ιατρική πληροφορική και Βιοπληροφορική.

Αναμενόμενα μαθησιακά αποτελέσματα και δεξιότητες

O στόχος της Βιοπληροφορικής είναι η εφαρμογή της τεχνολογίας υπολογιστών στη διαχείριση και την ανάλυση των βιολογικών στοιχείων. Ειδικότερα, ο στόχος του μαθήματος είναι οι φοιτητές να ασχοληθούν με τον υπολογισμό, την αποθήκευση, την ανάλυση, την γραφική αναπαράσταση, την προσομοίωση/μοντελοποίηση των βιολογικών πληροφοριών.

Προαπαιτούμενα μαθήματα

Κανένα

Μέθοδοι διδασκαλίας

2 ώρες διδασκαλία και 2 ώρες εργαστηριακές ασκήσεις

Αξιολόγηση

60% από τη γραπτή εξέταση θεωρίας

20% από την πρακτική εξέταση εργαστηρίων

20% από εργασία εξάμηνου

Γλώσσα διδασκαλίας

Ελληνική

Βιβλιογραφία

[1] Σοφία Κοσσιδά, ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΝΕΩΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΩΝ ΜΟΝ. ΕΠΕ, 2009.

[2] NEIL C. JONES, PAVEL A. PEVZNER, ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΟΥΣ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΥΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΛΕΙΔΑΡΙΘΜΟΣ, 2010.



Διδάσκων: Αγγελίδης Παντελής